Mewtwo ukrywa się wraz z grupą sklonowanych Pokémonów w odległym miejscu, próbując zapewnić im życie poza zasięgiem ludzi. Schronienie zostaje jednak odkryte przez Giovanniego, który nadal uważa potężnego Pokémona za swoją własność i zamierza ponownie podporządkować go organizacji Team Rocket.

Ash, Misty i Brock przypadkiem trafiają w sam środek konfliktu. Specjal rozwija wątki z pierwszego filmu Pokémon, stawiając pytania o prawo do samostanowienia, pamięć i odpowiedzialność za stworzone życie, a przy tym oferuje dynamiczną przygodę z dobrze znaną drużyną.