Shirou Emiya i Rin Tohsaka kontynuują walkę w Wojnie o Świętego Graala, mierząc się z kolejnymi Mistrzami i Servantami. Gdy prawdziwa tożsamość Archera zostaje ujawniona, ideały Shirou stają się centrum konfliktu dotyczącego ceny bohaterstwa.

Drugi sezon Unlimited Blade Works bezpośrednio rozwija wcześniejsze wydarzenia i prowadzi tę wersję historii do finału. Wymaga znajomości pierwszej części.