Sakura Sakurakouji, dziewczyna o silnym poczuciu sprawiedliwości, staje się świadkiem czegoś niemożliwego: chłopaka trawiącego ludzi błękitnym ogniem. Wkrótce ów tajemniczy Rei Ogami pojawia się w jej klasie jako nowy uczeń i okazuje się „Code:Breakerem” — skrytobójcą, który w imię wyższego dobra zabija zło złem.

Rozdarta między odrazą a chęcią ratowania go przed samym sobą, Sakura wkracza w mroczny świat cichej wojny. To dynamiczne widowisko akcji z domieszką nadprzyrodzonego o sprawiedliwości, zemście i cenie walki ze złem jego własną bronią.