Cztery lata po wydarzeniach pierwszego sezonu świat zjednoczył się pod rządami bezwzględnej organizacji A-Laws, tłumiącej wszelki opór w imię wymuszonego pokoju. Odrodzona grupa Celestial Being wraz z pilotami potężnych Gundamów ponownie staje do walki, tym razem sprzeciwiając się tyranii, która wyrosła z ich własnych ideałów.

Mobile Suit Gundam 00 Second Season to widowiskowa produkcja mecha, w której efektowne bitwy potężnych robotów splatają się z poważnymi rozważaniami o wojnie, pokoju i cenie dążenia do jedności. Rozbudowana intryga polityczna i dramaty pilotów nadają starciom Gundamów głębi wykraczającej poza zwykłe widowisko.