Risa Koizumi jest wyższa od większości chłopaków w klasie, a jej kolega Atsushi Otani wyraźnie niższy od rówieśniczek, przez co obydwoje bywają obiektem żartów i tworzą pociesznie niedobraną parę. Choć nieustannie się przekomarzają i wspierają nawzajem w podbojach serc, z czasem między nimi zaczyna kiełkować coś znacznie głębszego.

Lovely Complex to ciepła, przezabawna komedia romantyczna z gatunku shoujo, oparta na kontraście wzrostu bohaterów i ich żywiołowych, komediowych przepychankach. Za lawiną gagów i błyskotliwych ripost kryje się szczera opowieść o dojrzewaniu uczuć, akceptacji siebie i pokonywaniu własnych kompleksów.