W roku 20XX, wraz z rozpoczęciem piątej klasy, młody Netto Hikari otrzymuje wyjątkowy prezent — własnego, spersonalizowanego net navi o imieniu Rockman. Mimo niewielkich rozmiarów i znacznie bardziej odpowiedzialnego charakteru, obaj szybko stają się najlepszymi przyjaciółmi.

W świecie, w którym wszystko połączone jest siecią, net navi wspiera swojego operatora, a Netto i Rockman wspólnie stawiają czoła cyberprzestępcom zagrażającym miastu. MegaMan NT Warrior to pełna akcji i przygód opowieść dla młodszych widzów o przyjaźni człowieka i programu, w której pojedynki toczą się zarówno w realnym świecie, jak i w cyberprzestrzeni.