Pod stolicą Japonii rozciąga się rozległy, nieznany światu obszar zwany Podziemiem, zamieszkany przez Użytkowników Żywiołów — ludzi zdolnych panować nad ogniem, wodą, błyskawicami, magnetyzmem czy lodem. Zwyczajny licealista Rumina Asagi wraz z najlepszym przyjacielem Ginnosuke Isuzu wiodą spokojne życie na powierzchni.

Wszystko zmienia się, gdy z Podziemia ucieka tajemnicza dziewczyna, a Rumina odkrywa w sobie uśpioną, żywiołową moc. Tokyo Underground to dynamiczna, pełna akcji opowieść shounen o walce, przyjaźni i starciu dwóch światów, w której zwyczajny nastolatek zostaje wciągnięty w konflikt o losy Podziemia.