Momiji jest zwyczajna dziewczyna do dnia, w ktorym odkrywa, ze jest potomkinia poteznego rodu Kushinada. Tylko ona, dzieki swojej krwi, moze powstrzymac Aragami, demoniczne, przypominajace rosliny potwory, ktore zagrazaja Japonii.

W walce wspiera ja specjalna jednostka TAC oraz tajemniczy mlodzieniec Kusanagi, ktory budzi w niej rodzace sie uczucie. Blue Seed to dynamiczna opowiesc laczaca akcje, japonska mitologie i watki obyczajowe w nowoczesnym, sensacyjnym sztafazu.