Podczas nalotów na Kobe nastoletni Seita i jego młodsza siostra Setsuko tracą dom oraz najbliższą rodzinę. Pozbawieni stabilnego wsparcia próbują samodzielnie przetrwać w kraju wyniszczonym wojną, głodem i społeczną obojętnością. Grave of the Fireflies przedstawia konflikt z perspektywy dzieci, koncentrując się na ich więzi i codziennej walce o podstawowe bezpieczeństwo. To przejmujący dramat, a nie typowa opowieść wojenna.