Tomoya Okazaki jest znudzonym uczniem, który nie widzi większego sensu w szkolnej codzienności. Spotkanie z nieśmiałą Nagisą Furukawą prowadzi go do pomocy w przywróceniu klubu teatralnego. Po drodze zbliża się do wielu osób zmagających się z rodzinnymi problemami i samotnością. Clannad rozpoczyna się jako szkolna opowieść obyczajowa, lecz stopniowo rozwija motywy dorastania, odpowiedzialności, więzi rodzinnych i budowania własnego miejsca.