Przyszłość, technologia, kosmos, cyberpunk i naukowe wizje alternatywnych światów.
Dziesięć lat po wojnie chłopięcy detektyw Kaneda Shoutarou strzeże odbudowującego się Tokio z pomocą Tetsujina 28. Powrót zaginionego przybranego brata i odkrycie broni zwanej pociskiem ruin otwierają jednak rany, których nie zasypał powojenny rozwój.
W zniszczonej przyszłości chłopiec budzi nieczynnego od dwóch stuleci Atoma, aby przeciwstawić się Gai — komputerowi, który odebrał ludziom prawo do samodzielnego kierowania Ziemią.
Prośba starej kurtyzany prowadzi Yorozuyę od Yoshiwary aż do serca władzy w Edo. Za obietnicą sprzed lat kryją się sekrety bakufu.
Drugi kinowy pakiet Fafner THE BEYOND obejmuje odcinki 4–6 i prowadzi pilotów w kolejną fazę walki o odzyskanie uprowadzonego towarzysza.
Chłopiec oraz cztery psy odtworzone jako cyborgi stają do walki z kosmicznymi najeźdźcami zagrażającymi Ziemi.
Seina Yamada wraca na Ziemię, lecz jego niezwykły pech ponownie przyciąga rodzinne spory, polityczne intrygi i kosmiczne zamieszanie.
Atom odkrywa kosmiczne wysypisko zużytych robotów i zaprzyjaźnia się z Bemem tuż przed zagrożeniem, które może zniszczyć Ziemię.
Księżniczka Aurora wraz z trzema cyborgami przemierza galaktykę statkiem Cosmos Queen, by przywrócić słabnącą energię kosmosu.
Trzecia kinowa partia THE BEYOND prowadzi obrońców wyspy przez bolesne straty, przekazanie obowiązków i przygotowania do drugiego Planu L.
Tetsuro i Maetel zatrzymują Galaxy Express 999 w Kitakyushu. Specjalny film przygotowany dla Expo 2001 prowadzi widza przez historię miasta, łącząc kosmiczną podróż z pamięcią o przemianach lokalnej społeczności.
