Siedemnastoletnia Suzume mieszka z ciotką na Kiusiu. Spotkanie z wędrowcem Sōtą prowadzi ją do opuszczonych ruin i samotnych drzwi, które otwierają przejście dla siły wywołującej katastrofy. Gdy Sōta zostaje przemieniony w dziecięce krzesło, Suzume rusza z nim przez Japonię, odnajdując kolejne portale i zamykając je przed nadchodzącym zniszczeniem. Podróż splata współczesne miejsca z pamięcią o tragediach oraz osobistą historią dziewczyny.