Pewien japoński turysta przypadkiem staje się świadkiem zabójstwa dokonanego przez organizację Inferno, kontrolującą świat przestępczy. Zamiast go zgładzić, oprawcy odbierają mu pamięć i przekształcają w bezwzględnego zabójcę o pseudonimie Zwei, szkolonego u boku równie tragicznej dziewczyny znanej jako Ein.

Phantom: Requiem for the Phantom to mroczna, brutalna opowieść o utraconej tożsamości i próbie odzyskania człowieczeństwa w świecie rządzonym przemocą. Chłodna, trzymająca w napięciu narracja i tragiczne losy głównych postaci składają się na przejmujące studium ludzi zamienionych w narzędzia zbrodni.