Chise rozpoczyna nowy etap nauki związany z Kolegium, gdzie spotyka innych uczniów i magów o odmiennych doświadczeniach. Pobyt w szkole otwiera przed nią nowe relacje, ale również tajemnice ukryte w środowisku magicznym.

Gakuin-hen koncentruje się na szkolnym rozdziale The Ancient Magus’ Bride i rozszerza świat poza dom Chise oraz Eliasa.