Tatsumiyajima to spokojna wysepka pośród niewielkiego archipelagu, gdzie młodzi mieszkańcy chodzą do szkoły, wierząc, że ich życie na zawsze pozostanie sielskie i niezmącone. Prawda jest jednak zupełnie inna — wyspa skrywa tajemnicę i stanowi ostatnią linię obrony ludzkości.

Gdy atakuje tajemniczy, niepojęty wróg zwany Festum, na barki nastoletnich pilotów spada obowiązek zasiadania za sterami bojowych mechów Fafner. Soukyuu no Fafner to mroczny dramat mecha o dorastaniu w cieniu wojny, cenie ochrony bliskich i pytaniu, czym właściwie jest człowieczeństwo w obliczu obcego.