Kaede to zwyczajna uczennica, która przygotowuje się do szkolnych egzaminów, gdy nagle przerywa jej Shinobu — dziewczyna szkoląca się na ninja, próbująca zaliczyć własny sprawdzian. Problem w tym, że jej zadaniem jest ukraść Kaede majtki.

Z tego absurdalnego spotkania rodzi się niespodziewana przyjaźń, a Kaede zostaje wciągnięta w zwariowany świat ninja pełen dziwacznych postaci, w tym gadającej, kulistej istoty o imieniu Onsokumaru. Ninin ga Shinobuden to szalona, parodystyczna komedia, która z przymrużeniem oka żartuje z konwencji opowieści o ninja.