W przyszłości, gdy skutki globalnego ocieplenia zatopiły znaczną część Ziemi, osierocona, piętnastoletnia Maia Mizuki kończy gimnazjum i ubiega się o pracę w elitarnej, paramilitarnej Agencji Oceanicznej — instytucji światowego rządu, do której trafiają tylko najlepsi.

Jej wymarzone życie szybko jednak legnie w gruzach, a Maia trafia do barwnej ekipy dziewczyn podejmujących ryzykowne zlecenia. Hikari to Mizu no Daphne to utrzymana w konwencji science fiction opowieść, w której lekki, komediowy ton stopniowo odsłania mroczniejszą tajemnicę losu bohaterki.