Excel to niezłomnie oddana, choć kompletnie narwana agentka tajnej organizacji ACROSS, której przywódca Il Palazzo dąży do przejęcia władzy nad światem — zaczynając od jednego miasta. Wraz z chorowitą koleżanką Hyatt oraz psem-prowiantem Menchi Excel realizuje kolejne absurdalne misje.

Każda z nich zwykle kończy się jednak spektakularną porażką i chaosem. Heppoko Jikken Animation Excel Saga to szalona, wywrotowa komedia, będąca bezlitosną parodią całego anime, w której szybki, abstrakcyjny humor i łamanie wszelkich konwencji nie znają żadnych granic.