Yuzuru Otonashi budzi się na terenie szkoły bez wspomnień o swoim życiu. Yuri Nakamura wyjaśnia mu, że wszyscy uczniowie nie żyją i znajdują się w świecie pośmiertnym. Jej grupa walczy z pozornie bezwzględną Angel, odmawiając pogodzenia się z losem. Otonashi stopniowo poznaje historie pozostałych osób oraz przyczynę ich obecności. Angel Beats! łączy komedię szkolną, akcję i dramat o niespełnionych marzeniach, stracie oraz akceptacji.