Kyon rozpoczyna liceum bez wiary w kosmitów, podróżników w czasie i moce nadprzyrodzone. Poznaje Haruhi Suzumiyę, energiczną dziewczynę znudzoną zwyczajnym światem, która zakłada Brygadę SOS do poszukiwania niezwykłych zjawisk. Do klubu trafiają Yuki, Mikuru i Itsuki, a Kyon odkrywa, że każde z nich skrywa tajemnicę. Najważniejsza prawda dotyczy samej Haruhi: jej nieświadome pragnienia mogą przekształcać rzeczywistość, dlatego przyjaciele próbują utrzymać jej zainteresowanie i dobry nastrój.