Allen Walker zostaje egzorcystą Czarnego Zakonu i dołącza do walki przeciw Millennium Earlowi. Wróg wykorzystuje ludzką rozpacz, by zamieniać dusze zmarłych w mechaniczne demony zwane Akumami. Allen posiada przeklęte oko pozwalające dostrzegać uwięzione dusze oraz rękę połączoną z mocą Innocence. Podczas misji poznaje innych egzorcystów, szuka fragmentów świętej substancji i odkrywa, że granica między przeznaczeniem, poświęceniem i manipulacją jest wyjątkowo cienka.