Mikoto Misaka, trzecia najpotężniejsza esperka Miasta Akademii zwana Railgun, wkracza w okres wielkiego festiwalu szkół. Za sportową rywalizacją i codziennym gwarem kryją się jednak mroczne intrygi wymierzone w espery.

Wraz z przyjaciółmi Mikoto stopniowo odkrywa spisek, który zagraża jej bliskim i całemu miastu. To dynamiczna opowieść science fiction o mocy, przyjaźni i odwadze przeciwstawienia się bezwzględnym siłom działającym w cieniu.