Dwanaście tysięcy lat po dawnej wojnie ludzkość znów musi bronić się przed najeźdźcami z innego wymiaru, którzy porywają kobiety z Ziemi. Młodzi piloci uczą się łączyć swoje maszyny w potężnego mecha Aquarion — proces wymagający jednak czegoś więcej niż tylko techniki: prawdziwego zjednoczenia serc.

W akademii, gdzie chłopców i dziewczęta rozdziela surowy mur, rodzące się uczucia stają się kluczem do zwycięstwa. To rozmachowe widowisko science fiction o miłości, przeznaczeniu i sile, która rodzi się z połączenia dwojga ludzi.