Ponad dekadę po katastrofalnym kataklizmie ludzkość toczy rozpaczliwą wojnę z Cieniami Aniołów, tajemniczymi istotami porywającymi ludzi. Jej jedyną obroną jest Aquarion, potężna machina powstająca z połączenia trzech mniejszych maszyn i ich pilotów, których łączy niezwykła, sięgająca poprzednich wcieleń więź, kluczowa dla przetrwania świata.

Sousei no Aquarion to widowiskowa produkcja mecha, w której efektowne, patetyczne pojedynki potężnych robotów splatają się z motywami przeznaczenia, reinkarnacji i duchowego zjednoczenia bohaterów. Rozmach kosmicznych bitew i mitologiczna otoczka nadają serialowi podniosłego, epickiego charakteru.