Tajemnicza istota niszczy część Księżyca i zapowiada, że za rok taki sam los spotka Ziemię. Jednocześnie obejmuje wychowawstwo w uznawanej za najgorszą klasie 3-E. Uczniowie otrzymują zadanie zabicia nauczyciela, którego nazywają Koro-sensei, lecz szybko odkrywają, że jest on znakomitym pedagogiem. Assassination Classroom łączy komedię, szkolną codzienność i akcję z opowieścią o rozwoju młodych ludzi oraz wartości dobrego nauczania.