Atom: The Beginning cofa się do czasów poprzedzających narodziny Astro Boya i skupia na młodych naukowcach rozwijających przełomową robotykę. Ich ambitne eksperymenty prowadzą do powstania maszyny, która zaczyna wykazywać cechy wykraczające poza zwykłe oprogramowanie. Serial łączy technologiczną przygodę, akademicką rywalizację i pytania o odpowiedzialność twórców za inteligentne istoty.