Po latach wymuszonego rozejmu dwa zwaśnione klany ninja, Kouga i Iga, ponownie stają do krwawej wojny, w której po każdej ze stron walczy dziesięcioro wojowników obdarzonych przeraźliwymi, nadludzkimi zdolnościami. Tragedię pogłębia fakt, że następca rodu Kouga, Gennosuke, oraz dziedziczka klanu Iga, Oboro, darzą się głębokim uczuciem, rozdarci między miłością a lojalnością wobec swoich rodów.

Basilisk to mroczna, brutalna opowieść samurajsko-ninja przeznaczona dla dorosłego widza, w której widowiskowe, okrutne pojedynki splatają się z tragicznym wątkiem zakazanej miłości. Gęsta, posępna atmosfera, nieuchronność losu i szekspirowski wydźwięk historii czynią z niej przejmujące, pełne napięcia studium nienawiści i poświęcenia.