Załoga Lagoon Company przyjmuje kolejne niebezpieczne zlecenia w Roanapur, mieście kontrolowanym przez przemytników, mafie i najemników. Rock coraz głębiej wchodzi w brutalny świat Revy, a konflikty z nowymi przeciwnikami wystawiają na próbę jego zasady oraz lojalność wobec grupy.

Black Lagoon: The Second Barrage bezpośrednio kontynuuje pierwszy sezon. Seria zachowuje dynamiczną akcję, czarny humor i moralnie niejednoznacznych bohaterów, jednocześnie rozwijając kilka mroczniejszych historii.