Po wydarzeniach w Kioto Rin Okumura i jego przyjaciele wracają do szkolenia egzorcystów. Pojawienie się tajemniczej organizacji Illuminati ujawnia nowe zagrożenie, a los Izumo Kamiki zostaje związany z eksperymentami oraz sekretami jej rodzinnej przeszłości.

Blue Exorcist -Shimane Illuminati Saga- kontynuuje główną historię po Kyoto Saga. Sezon skupia się na Izumo, więziach grupy i konflikcie z organizacją próbującą wykorzystać demoniczne moce.