Yuji Kaido zostaje poddany kriogenicznemu zamrożeniu z powodu tajemniczej choroby, a gdy budzi się po ponad dwóch dekadach, zastaje świat gorszy niż najstraszniejszy koszmar. Ziemię opanowały gigantyczne, owadopodobne stwory zwane Blue, które polują na ludzi.

Ocaleni żyją na orbitalnej stacji Second Earth, a Yuji, wciąż nie rozumiejąc, co się stało, musi walczyć o przetrwanie u boku twardej wojowniczki Marlene. Blue Gender to mroczna, brutalna opowieść science fiction o zagładzie, instynkcie przetrwania i cenie człowieczeństwa w świecie, który odwrócił się przeciwko ludzkości.