Marin to typowa gimnazjalistka o pogodnym usposobieniu, otoczona miłością przybranej rodziny. Jej życie zmienia się drastycznie, gdy na niebie nad całą Ziemią pojawia się tajemniczy miraż — unosząca się formacja zwana Brigadoon.

Z owej struktury na Ziemię zstępują zabójcze androidy Monomakia, a w obronie Marin staje tajemniczy wojownik Melan Blue. Brigadoon: Marin to Melan to nastrojowa opowieść science fiction o przyjaźni, dojrzewaniu i poświęceniu, w której walka o przetrwanie splata się ze wzruszającą więzią między dziewczyną a jej niezwykłym opiekunem.