Po wydarzeniach pierwszej serii Tomoya Okazaki i Nagisa Furukawa próbują wejść w dorosłość, mierząc się z pracą, odpowiedzialnością i konsekwencjami własnych wyborów. Ich relacja dojrzewa, a codzienne chwile nabierają znaczenia, gdy życie wystawia bohaterów na wyjątkowo trudne próby.

Clannad: After Story rozwija wątki rodzinne i emocjonalne poprzednika. To spokojnie opowiedziany dramat o miłości, stracie i więziach, które pozwalają podnieść się po kryzysie. Seria najlepiej działa oglądana po pierwszym sezonie Clannad.