Tuz przed odejsciem z korepetycji Nanako Misono prosi jednego z nauczycieli, Takehiko Henmiego, by zostali korespondencyjnymi przyjaciolmi. Ten poczatkowo sie waha, w koncu jednak przystaje na propozycje.

Historia jest opowiadana przez listy Nanako, ktora rozpoczyna nauke w Seiran, renomowanym prywatnym liceum dla dziewczat. Tam czeka ja mnostwo trudnosci. Onii-sama e… to przejmujacy, nastrojowy dramat shoujo o dojrzewaniu, przyjazni i skomplikowanych relacjach w zamknietym swiecie elitarnej szkoly.