Po kolejnych starciach granica między światem ludzi i Digimonów staje się coraz mniej stabilna. Wybrane dzieci próbują zrozumieć naturę infekcji, a każdy nowy ślad zmusza je do ponownego spojrzenia na zaufanie, odpowiedzialność i więź z cyfrowymi partnerami.
Trzecia część cyklu „Digimon Adventure tri.” rozwija dramatyczne konsekwencje wcześniejszych wydarzeń. Bohaterowie muszą działać mimo niepełnej wiedzy, chronić przyjaciół i zaakceptować, że dojrzewanie oznacza także podejmowanie decyzji, których skutków nie da się łatwo cofnąć.