Masaru Daimon, porywczy, lecz obdarzony dobrym sercem chłopak, przez przypadek zaprzyjaźnia się z ognistym Digimonem Agumonem i wraz z nim dołącza do organizacji DATS, chroniącej świat przed zagrożeniami przenikającymi z cyfrowej rzeczywistości. Razem z innymi młodymi pogromcami stara się chronić zarówno ludzi, jak i przyjaznych mieszkańców świata Digimonów.

Digimon Data Squad to energiczna produkcja przygodowa dla młodszych widzów, w której widowiskowe pojedynki cyfrowych stworów łączą się z motywami przyjaźni, odwagi i współpracy. Emocjonujące walki, więź między bohaterami a ich partnerami oraz dynamiczna fabuła tworzą pełną akcji opowieść o obronie dwóch splecionych ze sobą światów.