Takato Matsuda, Ruki Makino i Jenrya Lee to dzieci, którym los zsyła prawdziwe Digimony — inne niż te wyimaginowane z karcianej gry, w którą grają. Każde z tych dzieci, zwanych Tamerami, ma własne zdanie na temat tego, jak należy traktować Digimony.

Gdy w całej Japonii zaczynają pojawiać się kolejne Digimony, młodzi Tamerzy muszą odłożyć na bok różnice i wspólnie stawić czoła zagrożeniu. Digimon Tamers to mroczniejsza i bardziej dojrzała odsłona serii, łącząca pełną akcji przygodę z tematami przyjaźni, odpowiedzialności i granicy między światem realnym a cyfrowym.