Tajemnicza organizacja interesuje się niezwykłą zdolnością początkującego duelisty Shobu Kirifudy — potrafi on ożywiać stworzenia z kart Duel Masters. Wspierany przez przyjaciół, Shobu gra z pasją, dyscypliną i sercem, dążąc do tego, by jak jego ojciec zostać mistrzem Kaijudo.

Kolejne pojedynki karciane stają się dla niego drogą do spełnienia marzenia i odkrycia własnej siły. Duel Masters to pełna akcji i rywalizacji opowieść dla młodszych widzów, w której strategiczne starcia kart splatają się z tematami przyjaźni, wytrwałości i wiary w siebie.