Shinji Ikari pozostaje zagubiony po wydarzeniach poprzedniego filmu, a świat stoi na krawędzi ostatecznej katastrofy. Gdy bohaterowie WILLE przygotowują się do rozstrzygającego starcia z NERV, Shinji musi zmierzyć się z własnym poczuciem winy i znaleźć powód, by ponownie podjąć decyzję.

Evangelion: 3.0+1.0 Thrice Upon a Time zamyka filmowy cykl Rebuild of Evangelion. Produkcja łączy widowiskowe sekwencje z osobistym finałem historii o izolacji, odpowiedzialności i dojrzewaniu. Należy oglądać ją po trzech wcześniejszych częściach serii.