Po ocaleniu Ziemi załoga Yamato zostaje wezwana do kolejnej wyprawy, gdy z głębi kosmosu nadchodzi imperium Białej Komety. Susumu Kodai i jego towarzysze ruszają mimo rozkazów, przekonani, że tajemniczy sygnał ostrzegawczy nie może zostać zignorowany. Film przedstawia alternatywny ciąg dalszy pierwszej historii, prowadząc konflikt ku dramatycznemu finałowi. Na pierwszy plan wysuwa poświęcenie załogi, odpowiedzialność za planetę oraz pytanie o granice ceny, jaką warto zapłacić za pokój.