Wojna o Świętego Graala ponownie ogarnia miasto Fuyuki, lecz tym razem Shirou Emiya skupia się na ochronie Sakury Matou. Narastające anomalie ujawniają mroczną stronę rytuału oraz sekrety ukrywane przez uczestniczące w nim rody.

Presage Flower rozpoczyna filmową trylogię Heaven’s Feel, oferując cięższy ton, bardziej osobistą stawkę i alternatywny rozwój wydarzeń znanych z Fate/stay night.