Soma i jego sprzymierzeńcy zostają zmuszeni do rywalizacji z uczniami wspierającymi nowy porządek w Akademii Totsuki. Podróż pociągiem przez Hokkaido staje się serią wymagających egzaminów, w których stawką jest dalsza nauka i prawo do własnego stylu gotowania.

Totsuki Train Arc stanowi bezpośrednią kontynuację trzeciego sezonu Food Wars!. Rozwija konflikt z Centralą i prowadzi do zespołowych pojedynków kulinarnych o przyszłość szkoły.