Ludzkość toczy rozpaczliwą wojnę z Novami, istotami z innego wymiaru, przed którymi bronią jej wyłącznie Pandory, dziewczęta wyposażone we wszczepione stygmaty dające nadludzką moc. U ich boku walczą Limitatorzy, chłopcy zdolni ograniczać przestrzeń wokół wroga. Do akademii West Genetics trafia Kazuya Aoi, który nawiązuje więź z budzącą postrach, lodowatą Satellizer el Bridget zwaną Nieuchwytną Królową.

Freezing to brutalne science fiction z silnym wątkiem ecchi, w którym krwawe starcia na polu bitwy mieszają się z rywalizacją i intrygami wewnątrz szkoły. Serial nie oszczędza bohaterek, pokazuje cenę, jaką płacą za moc, a jednocześnie rozwija relację między Kazuyą a Satellizer, kryjącą się pod jej chłodną, obronną maską.