Kaname Chidori i jej zwariowany na punkcie wojska kolega z klasy, Sousuke Sagara, wracają w serii komediowych perypetii rozgrywających się w liceum Jindai i poza nim. Sousuke, wyszkolony najemnik, wciąż nie potrafi odnaleźć się w roli zwyczajnego nastolatka i na każdą sytuację reaguje jak na akcję bojową.

Gdy Kaname wpada w poważne tarapaty, Sousuke wciela się w Bonta-kuna — dzierżącego broń, kopiącego tyłki maskotkowatego mściciela. Full Metal Panic? Fumoffu to pełen absurdalnego humoru spin-off głównej serii, w którym wojskowa paranoja bohatera zderza się z codziennym, szkolnym życiem.