Sousuke Sagara, młody żołnierz najemnej organizacji Mithril i zarazem beznadziejnie nieprzystosowany do cywilnego życia zapaleniec wojskowy, nadal pełni tajną misję ochrony licealistki Kaname Chidori. Gdy na scenę wkracza bezwzględna organizacja Amalgam, a jego lojalność i człowieczeństwo zostają wystawione na próbę, Sousuke musi zmierzyć się z najtrudniejszym wyzwaniem w swoim życiu.

Full Metal Panic! The Second Raid to dopracowana produkcja mecha spod znaku studia Kyoto Animation, w której widowiskowe bitwy potężnych robotów łączą się z intrygą szpiegowską i dramatem bohaterów. Za efektowną akcją kryje się poważniejsza, mroczniejsza od poprzednich odsłon refleksja nad wojną, lojalnością i cieniem, jaki rzuca na duszę żołnierza.