Sousuke Sagara, siedemnastoletni specjalista wojskowy pracujący dla tajnej organizacji MITHRIL, otrzymuje zadanie ochrony kolejnej kandydatki spośród tak zwanych Wtajemniczonych — licealistki Kaname Chidori. By wywiązać się z misji, Sousuke musi zmierzyć się zarówno z wrogami z przeszłości, jak i z codziennym życiem zwyczajnego ucznia.

Problem w tym, że zahartowany w boju najemnik kompletnie nie radzi sobie w roli nastolatka, a każdą szkolną sytuację traktuje jak akcję bojową. Full Metal Panic! to pełna akcji, humoru i mecha opowieść, w której wielkie starcia bojowych maszyn splatają się z rozbrajającą komedią o żołnierzu rzuconym w wir licealnej codzienności.