Mikan Sakura jest zdruzgotana, gdy jej najlepsza przyjaciółka Hotaru Imai przenosi się do tokijskiej szkoły dla wyjątkowo uzdolnionych dzieci — Akademii Alice. Zaniepokojona plotkami, że uczniowie są tam traktowani niemal jak więźniowie, Mikan ucieka z domu i sama rusza za przyjaciółką.

Na miejscu odkrywa, że i ona posiada tajemniczą moc zwaną Alice, dzięki której może zostać uczennicą akademii. Gakuen Alice to ciepła opowieść o przyjaźni, dorastaniu i odwadze, w której magiczne zdolności splatają się z problemami zwyczajnych dzieci.