Batou z Sekcji 9 prowadzi śledztwo w sprawie gynoidów, które zaczęły zabijać swoich właścicieli. Trop prowadzi do korporacji i pytań o granicę między człowiekiem, maszyną oraz świadomością zamkniętą w sztucznym ciele.

Ghost in the Shell 2: Innocence jest filmową kontynuacją dzieła Mamoru Oshii. To filozoficzny cyberpunkowy kryminał, który skupia się na Batou i rozwija temat tożsamości w świecie zaawansowanej technologii.