Drugi sezon Stand Alone Complex ponownie stawia Sekcję 9 wobec sprawy, w której cyberprzestępczość, terroryzm i polityka splatają się w trudny do rozdzielenia układ. Motoko Kusanagi prowadzi zespół przez śledztwa wymagające zarówno siły, jak i zrozumienia społecznych napięć świata zależnego od technologii. Seria rozwija pytania o tożsamość, odpowiedzialność państwa i granice człowieczeństwa, zachowując proceduralną konstrukcję oraz konsekwentnie budowany główny wątek.