Gintama Season 2 Part 2 kontynuuje codzienne katastrofy Gintokiego, Kagury i Shinpachiego w alternatywnym Edo pełnym samurajów oraz przybyszów z kosmosu. Kolejne zlecenia prowadzą od absurdalnych pomyłek do konfliktów, które wystawiają przyjaźnie bohaterów na próbę. Seria zachowuje charakterystyczne parodie i łamanie czwartej ściany, jednocześnie rozwijając poważniejsze historie dotyczące przeszłości oraz lojalności.