Drugi sezon Gintamy ponownie miesza absurdalną komedię, parodie popkultury i nagłe zwroty ku poważniejszym konfliktom. Gintoki oraz jego towarzysze podejmują kolejne dziwaczne zlecenia, a codzienny chaos Edo regularnie prowadzi ich w sam środek większych problemów. Seria rozwija relacje znanych postaci i pokazuje, że pod warstwą żartów kryje się opowieść o lojalności, pamięci oraz odpowiedzialności.